アーケード版からの追加・変更点

新規追加作品

新機動戦記ガンダムW EndlessWaltz

• ウイングガンダムゼロカスタム(ヒイロ・ユイ)
• ガンダムナタク(張五飛)

追加機体

機動戦士ガンダム

• ジオング(シャア・アズナブル)

機動戦士Zガンダム

• ジ・O(パプテマス・シロッコ)

機動戦士ガンダムSEED

• プロヴィデンスガンダム(ラウ・ル・クルーゼ)

機動戦士ガンダム00

• ダブルオーライザー(刹那・F・セイエイ(2nd))
• リボーンズガンダム(リボンズ・アルマーク)

機動戦士ガンダムUC

• クシャトリヤ(マリーダ・クルス)

追加ボス(MA)

機動戦士ガンダムF91

• ラフレシア(カロッゾ・ロナ)

∀ガンダム

• ウォドム(ポゥ・エイジ)

機動戦士ガンダム0083 STARDUST MEMORY

• ガンダム試作3号機デンドロビウム(コウ・ウラキ)

機動戦士ガンダム 第08MS小隊

• アプサラスIII(アイナ・サハリン/ギニアス・サハリン)

追加ボス(MS)

• キュベレイ(ハマーン・カーン(ZZ))

PLUSモードのNEXTトライアル、MAP5｢女帝降臨｣にて登場。
接近時にボス専用のカットインが入る。
恐らくキュベレイ自体の性能は変わっていない様子。
これによりキャラクター欄に登録される。

アーケードコース・ルート

• I～Lまで追加される。

• CPU戦でのコース選択時の各コースのアイコン、複数ターゲット撃破ステージの演出、敵MS・パイロット確認ウインドウの変更(追加コースは従来の形式)、同じくTG複数撃破の場合機体名が表示されなくなった。
• ブリーフィングがAC版では曲が一定の所まで鳴ってからブリーフィング終了だったが、僚機キャラが喋り終わった瞬間にブリーフィングが終了するようになった。
• Hコース9面のユニコーンガンダムがバナージ搭乗に変更。それに従いターゲット名もバナージに変更。
• Hコースクリア時のEDがFNクリア時のEDでなく通常のEDに変更された(LコースクリアでFN版のEDが見られるようになった)。

追加ステージ

• タイガーバウム(ZZ)
• フロンティアI外壁(F91)
• 渓谷(V)
• フォートセバーン(X)
• 砂漠(NEXT PLUSモード専用)
• 砂漠基地(NEXT PLUSモード専用)
• ネオホンコン(NEXT PLUSモード専用)
• マウンテンサイクル地下(NEXT PLUSモード専用)…マグマに当たると50ダメージ
• 基地内部1～3(NEXT PLUSモード専用)
• 軌道エレベーター中継点(NEXT PLUSモード専用)

ゲームシステム面

• 今作は一部の太めの単発ビームが、細くなっている（ガンダムのCS、Zのハイメガ、ストライクのアグニ、デスティニーのCSなど。赤ビームは白い部分が少なくなったor赤い部分が増えた。）ストライク・デスティニーの照射ビーム(格闘CS)はAC版と同じ。
• キュベレイのバグファンネル、ストライクフリーダムのマルチCSバグは修正された。
• ストライクフリーダムのBR、CSの性能が全般的に改善されている。
• フリーダムのサブ射撃が弾速上昇。
• ユニコーンのアシストがジェスタからリゼルに変更(動作内容は同じ)。
• ゴッド、シャイニングの格闘からの派生フィンガーが繋げやすくなった？また、横格1hit、百烈拳、百烈脚中でもフィンガーキャンセル可能。
• Zのビームコンフューズの範囲増加。
• ガンダムDX、インパルス、ヴァーチェのCSが見た目小さくなった。
• ヴァーチェのアシストのミサイル部分の誘導性が向上。
• エピオンのヒートロッドのリーチが伸びた。そこそこ離れた敵でも狩れる。（特に前入力の叩き付け）
• 正面を向いてレバーを入れない状態で、発生の早いBRなどを最速ズンダをすることができなくなった（ターンエーのステサブ後の動作のように膝がカクッとなる）。レバーを入れるとできる模様だが、検証求む。
• 陸戦型ガンダムのメイン射撃コンボの、「メインよろけ＞メイン全弾」で強制ダウンしなくなった。メイン射撃のみで強制ダウンをとるのに、約17～8発必要になった(全弾ヒット3セット目の1～2発目で強制ダウン)。

その他

• UCのOPムービー追加。
• WのOPムービー効果音変更。
• ユニコーンガンダムにバナージ・リンクス追加。
• ユニコーンガンダムのビームマグナムのマガジンが減る演出がなくなった。
• Ez8のシローがシャツ姿に変更。
• 自機とどめ時の勝利カットインの背景の色が灰色から紫色に変更、カットインが横から斜めに。
• ZのBGMが違うタイプに。
• 追加機体がある作品のEDの一枚絵が追加された(隠し機体を出すことで出現する。旧タイプの絵はギャラリーで観覧可能)。
• ZのBR発射音が変更(厳密には開発の調整ミスで設定でBGM・VCを最小にしてよく聴くと従来の音が聴こえる)。
• ゴッドガンダム、ユニコーンガンダム、マスターガンダム、シャイニングガンダム、ガンダムシュピーゲルの勝利ポーズで動かなくなったものあり。
• マスターガンダムの敗北ポーズの演出が無くなった。
• ガンダムシュピーゲルの敗北ポーズが変更された。
• シーブックのボイスバグを修正。
• OPの哀戦士のラストの「アーオッ」の部分が削られた。
• W0の肩の赤い部分の色合いが薄めに。
• ユニコーンガンダムのCSの色がエメラルドグリーンからイエローグリーンに。
• エクシアのトランザム時の機体色がAC版に比べて赤が薄くなった。
• キュベレイMk-II(プルツー機)の機体選択時グラフィックの胸元の色を黄色に修正。